Eğitim Sen, Milli Eğitim Bakanlığı Din Öğretimi Genel Müdürlüğü ile TÜGVA arasında imzalanan protokolü yargıya taşıdı. Milli Eğitim Bakanlığı Din Öğretimi Genel Müdürlüğü ile Türkiye Gençlik Vakfı (TÜGVA) arasındaki protokolle, ortaokul ve liselerde Medeniyet ve Düşünce Kulübü kurulmasını ve danışman hoca atanmasını mahkemeye taşıdı. Eğitim Sen; Din Öğretimi Genel Müdürlüğü ile TÜGVA arasında, 2016 yılında imzalanan ve MEB ile TÜGVA'nın “Değerler Eğitimi ve Sosyal Etkinlikler” yapmasını öngören protokole karşı Sen dava açmış, Danıştay 8. Dairesi 11 Haziran 2020 tarihli kararıyla, işlemin; imam hatip liseleri dışındaki tüm eğitim kurumlarındaki yürütmesini durdurmuştu. Kararın reddedilen imam hatip liseleri kısmı için Eğitim Sen, kabul edilen kısmı için ise MEB; Danıştay İdari Dava Daireleri Kurulu’na itiraz etmişti. MEB, itirazın sonucunu beklemeden TÜGVA ile 25 Şubat'ta yeni bir protokol imzaladı. Eğitim Sen, beş yıl süreli bu protokolü de yargıya taşıdı. Sendikanın, "Sosyal, Kültürel, Sportif Faaliyetler ile Bilim ve Sanat Faaliyetlerinin Yapılmasına İlişkin İş Birliği Protokolü" ile ilgili değerlendirmesinde şu ifadelere yer verdi: "Söz konusu protokolle Milli Eğitim Bakanlığı, bakan yardımcısı imzasıyla şeklen anılan Danıştay kararını uygulamış, ancak bu konuda Danıştay’ın istikrar kazanmış kararlarını dikkate alma gereği duymamıştır. Danıştay’ın bu konudaki kararlarında örgün eğitimdeki öğrencilere yönelik bir kısım etkinliklerinin doğrudan diğer kurum, kuruluş ve bireyler tarafından yürütüleceğinin kabul edilmesi, örgün eğitim kurumlarını kanuni idare ilkesine ve genel idare ilkesine aykırı olarak diğer kurum, kuruluş ve bireylerin faaliyet alanına dönüştüreceği, bir kamu hizmeti olan eğitim-öğretim hizmetinin devletin hizmet alanı içerisinde ancak genel idare esaslarına göre memurlar ve diğer kamu görevlileri eliyle yürütüleceği belirtilmiştir. Bu bakımdan Milli Eğitim Bakanlığı, TÜGVA ile protokol yapmakta ısrar etmektedir. Bu, bir hükümet politikasıdır ve bu politikaya karşı hukuksal, sendikal meşru tüm yolları kullanacağız. Hiçbir eğitim kurumunu demokrasi ve laiklik karşıtı vakıf, cemaat ve tarikatların eline bırakmayacağız.”